スキンヘッドにしないで、今の髪型のままで、FUEで1,000株採取する方法はないのでしょうか？

限定した範囲だけ髪を刈って、その範囲から1,000株採取することは可能ですが、そうすると、その範囲の髪がほとんど無くなってしまいます。
後頭部にたとえば約40～50cm2の範囲で薄毛の領域ができると、あとで修正することは困難ですので、髪型が割れたときに地肌が見えてしまいます。